咖啡裡有許多活性物質，像是咖啡因、綠原酸（英文：chlorogenic acid）、咖啡醇（英文：cafestol）、咖啡豆醇（英文：kahweol）、葫蘆巴鹼（英文：Trigonelline）等等，這些抗氧化劑和植化素，可以降低人體的發炎指數，避免慢性疾病上身，包括糖尿病、心血管疾病、肝病變、癌症和失智症等等。但是另一方面，咖啡卻也會誘發某些發炎症狀，例如咖啡因就被稱做天然的興奮劑，因為它會刺激腎上腺素的傳導物質分泌。而腎上腺素會激發身體的潛在能量，以面對外來的壓力和危機。如果身體長期處於腎上腺素過度分泌的備戰狀態，就會引起慢性發炎的反應。《發炎光譜》作者、功能醫學專家柯爾（Will Cole）說，大多數健康的成年人對於咖啡因有一定範圍的耐受程度，隨著每個人身體代謝速度不同，咖啡因停留在體內的時間和影響也不同，代謝比較慢的人，就有可能發展出慢性發炎的症狀。像是平常容易焦慮、或是心律不整的人來說，心跳速度本來就比較快，咖啡因會讓這些症狀更嚴重，如果心臟持續承受壓力，長期下來，就容易演變成心血管疾病。那麼，怎麼知道自己能不能喝咖啡呢？如果喝了咖啡之後，覺得心跳加速、頭暈、頭痛，也許就要少喝點，到底該喝多少咖啡，沒有一定的準則，只有自己的身體才會知道。當然，也要注意咖啡豆的品質，包括栽種方法、農藥的使用、運送過程與儲存，都會影響咖啡豆的品質，如果豆子長黴菌，滋生毒素，喝了就會傷害身體，造成更嚴重的發炎和感染。

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